（一）選育種。
蓮藕的選育種主要包括無性選種和有性雜交育種等方法。
1.無性選種。
我國蓮藕的種質(zhì)資源豐富，為無性選種提供了很好的條件，近年來從無性系的優(yōu)株中選育成的品種有科選1號、鄂蓮1號、浙湖1號、武植2號、贛蓮85-4、贛蓮85-5等。無性選種的方法是廣泛發(fā)動蓮藕產(chǎn)區(qū)的群眾，對于產(chǎn)量高、品質(zhì)好、適應(yīng)性強、抗病力強、特早熟或特晚熟等單株，及時報送到有關(guān)的科研部門或農(nóng)業(yè)主管部門，并進行無性繁殖和推廣。
2.有性雜交。
有性雜交是培育蓮藕新品種的有效方法之一，已廣泛應(yīng)用在蓮藕的育種上。有性雜交可以充分利用父母本的優(yōu)良性狀，有目的地培育高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)、抗病性強、特早熟或特晚熟等新品種。近年來通過有性雜交培育的新品種有鄂蓮3號、揚藕1號、鄂蓮4號、湘白蓮1號等。
（二）留種。
要獲得高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)的蓮藕或蓮子，蓮藕的留種很重要。藕留種時，種藕要在藕田中越冬。越冬期間，田里要保持一層淺水，不能干燥，凍裂。在不能經(jīng)常保持淺水處，要用稻草覆蓋防寒，第二年栽藕前挖出種藕，隨挖，隨栽。每畝留種田，可供5～6畝地用種。連作藕田留種時，在采藕時，用采八留二的方法留種，即每采2米寬留0.5米寬不采，作為下年種藕。以后各年，輪換采收和留種部位。
留種田的栽植與大田生產(chǎn)相似，唯栽植與收獲較晚。大田采收后留種田仍應(yīng)加強田間管理工作，尤其是水分管理和病蟲害的防治。留種田冬季不能斷水，應(yīng)保持3～5厘米的淺水，防止土壤干燥，使種藕受凍。種藕采收一般要到大田栽植時隨栽隨挖，謹(jǐn)慎小心，保持藕身完整，不要損傷碰斷芽頭。
種藕收獲后，到栽植時還應(yīng)對種藕選擇一次。根據(jù)品種特征，選藕身端正、肥大、完整，先端有子藕，無病蟲害、無傷痕的作種。
