黑籽南瓜的種子有一個特點，前1年充實的種子發(fā)芽好，不充實的種子發(fā)芽差；但當(dāng)年的種子卻正相反，充實的種子發(fā)芽率較低，而不充實的種子發(fā)芽率卻相對要好。
這主要是黑籽南瓜種子具有一定的休眠特性所造成的。新采收的飽滿種子由于還處于休眠期，所以發(fā)芽率相對較低，不飽滿的種子由于發(fā)育還不充分，還未完全進入休眠，故發(fā)芽率反而要高。
種子存放1年以后，飽滿種子已解除休眠，發(fā)芽率就高，而不飽滿的種子，因發(fā)育不充分，發(fā)芽能力下降較快，到第二年也就沒有多少發(fā)芽能力了。這就是，士產(chǎn)中為什么要采用隔年陳種的原因。
采收種瓜時，要小心操作，避免損失果實，以免果實在后熟過程腐爛。種瓜采收后，要先放在通風(fēng)干燥處后熟10天左右，然后再進行采種。黑籽南瓜果實內(nèi)的汁液具有一定的腐蝕性，因此采種時要戴膠皮手套，勿使果汁接觸皮膚。
黑籽南瓜種子外具有一層黏膜，采種時應(yīng)用清水反復(fù)淘洗干凈，然后攤在尼龍篩網(wǎng)或竹編篩網(wǎng)上，在陽光下曬半天，再陰干3-4天，讓種子充分干燥。待種子充分干燥后，將種皮變形、顏色差、種皮過厚或過薄、籽粒極小的種子去除，然后將種子裝袋置于陰涼干燥處保存。
