人工養(yǎng)殖蚯蚓，如果長期不清理糞便，會污染養(yǎng)殖環(huán)境，引起飼料變質(zhì)，影響蚯蚓正常生長，而且蚓糞中混有卵包，不經(jīng)清理，還會降低繁殖率。
當養(yǎng)殖床表面的飼料大部分已經(jīng)糞化（厚度在5厘米左右），就要進行清理。春夏季可1-2個月、秋冬季可3-4個月清理一次，清理蚓糞有下面幾種方法：
(1)旁誘法。蚯蚓對新鮮的飼料有較強的趨向性，可先將蚓糞和舊料刮起堆在養(yǎng)殖床的一旁，再堆放新鮮飼料，幾天后，蚯蚓就會逐漸鉆到新鮮的飼料中。
(2)干濕逼誘法。蚯蚓喜濕怕干，可在養(yǎng)殖床的一邊放入新鮮的飼料，蓋上薄膜保濕，而另一邊的舊料，讓其水分自然蒸發(fā)，這樣可迫使蚯蚓集中在濕料一邊。用這種方法清理蚓糞，效果較好。
(3)光照分離法。先疏松養(yǎng)殖床表層的蚓糞，再用強光往返照射幾次，蚯蚓怕光即往下鉆，這樣就可逐層清理蚓糞。
(4)提取法。在養(yǎng)殖床上放一層塑料網(wǎng)（網(wǎng)孔根據(jù)蚓體的大小而定），網(wǎng)上鋪放新鮮飼料，厚約5厘米，經(jīng)過一、二天，蚯蚓就被誘到網(wǎng)上，移走塑料網(wǎng)，就可清理蚓糞。
(5)機械分離法。利用蚯蚓喜靜怕麓動的特性，用竹（木、鐵）制的圓鈍小齒耙，把糞化層的表面分成許多小脊壟，并在壟上不停攪動，迫使蚯蚓往下移動，這樣就可逐層清理蚓糞。
