消毒劑在殺滅病原微生物、預防傳染病等方面都起到了重要的作用。但是消毒劑在使用過程中必須嚴格遵守消毒劑的使用要求，決不能亂用。否則，可能會造成嚴重危害。
消毒劑使用不當會對人和動物構成危害
很多消毒劑都具有刺激性，例如，甲醛、戊二醛、過氧乙酸等。其中有的刺激眼睛，引起流淚、水腫。有的刺激呼吸道，引起打噴嚏、咳嗽、氣管和喉頭水腫。有的引起皮疹或使動物煩躁不安的癥狀。
消毒劑使用不當會損傷物品和器具
很多消毒劑腐蝕性很強，對物品和器具具有損傷作用，如石灰水、苛性鈉、過氧乙酸等對木質和金屬圍欄等金屬物品有較強的腐蝕性，使被腐蝕的器具很容易污染和存留細菌病毒以降低下次消毒效果，從而引發(fā)傳染病。
消毒劑過多使用會破壞生態(tài)環(huán)境
在自然界中有許多種有益的微生物可分解環(huán)境中的腐敗污染物，將它們分解成無害的水、二氧化碳、氮等簡單的無機物。從而使有害微生物失去了宿主而死亡，起到了凈化環(huán)境的作用。在頻繁和不規(guī)范的消毒情況下，有益微生物也被殺滅，而抗藥性強的病原微生物會更加泛濫，大量的繁殖并擴散，對人類和動物生產產生更嚴重的危害。
導致病原微生物產生耐藥性
耐藥性的產生就是濫用藥物的結果，消毒劑也是藥物，長期大量的使用，會使消毒效果明顯降低，甚至完全失效。所以在動物生產中合理使用消毒劑應該引起高度重視。
